O programa é coordenado a nível internacional, nacional, regional e de escola. Esta coordenação multinível permite a confluência para objetivos, metodologias e critérios comuns que respeitam a especificidade de cada escola relativamente aos seus alunos e caraterísticas do meio envolvente.

Para além do apoio das pessoas e Instituições da Comissão Nacional, o Eco-Escolas conta ainda com a parceria de vários municípios e apoios específicos de mecenas para algumas das suas atividades. Fornece ainda metodologia, formações, materiais pedagógicos, apoios e enquadramento ao trabalho desenvolvido pela escola.